W dawnych przekazach można spotkać się z urzędowymi nazwami Rudschanny (występujący do 1938 roku) oraz Niedersee (pojawiający się do z kolei do 1945 roku).

Pierwszy człon nazwy miasta - „Ruciane” wywodzi się od terminu „Ruda”. Jak podają historycy ruda darniowa występowała w bogatych złożach na terenach Puszczy Piskiej, a w regionie Rucianego funkcjonowały liczne smolarnie i wypalanie węgla drzewnego. Stąd właśnie nazwa Ruciane. Wyraz „Ruciane” był zniekształconą nazwą osady leśnej z XIX wieku, pierwotna nazwa brzmiała Rudczany.

Jak należy się domyślać, drugi człon nazwy miasta - „Nida” pochodzi od rzeki Nidki, wypływającej z Jeziora Nidzkiego i znajdującej ujście w Jeziorze Wygryńskim. Warto dodać, że hasło „Nida” to praindoeuropejskie określenie rzeki czy jeziora powtarzający się wielokrotnie w Polsce oraz Europie

Należy również nadmienić, iż pojawiają się błędne tezy wskazujące na pochodzenie nazwy Ruciane. Pierwsza z nich dotyczy rzekomego pochodzenia terminu od ziela ruty, które jednak było hodowane w rejonie Rucianego w małych ilościach i nie występowało tutaj postaci naturalnej, a jedynie w celach ozdobnych. Pojawiają się również legendy, z których można wnioskować, iż Ruciane pochodzi od okrzyków pobliskiego rybaka, do jego córki. Jednak te formy genezy są prawdopodobnie błędne.